Образовано в апреле 1800 года. Входило в юрисдикцию Днепровской (1800-1803), Екатеринославской (1803-1820), Астраханской (1820-1829), Новочеркасской (1829-1842), духовных консисторий.
С июля 1842 года – Екатеринодарское духовное правление Кавказской духовной консистории.
Ликвидировано в сентябре 1870 года.
Рапорты первоприсутствующего Екатеринодарского духовного правления протоиерея Кирилла Россинского и переписка о рукоположении разных лиц в священники и дьяконы, о назначении их на должности, пострижении в монахи, о службе, поведении, увольнении за штат, награждении и наказании духовенства, строительстве церквей в Черномории, кружечном сборе, происшествиях в приходах, а также по богослужебным, административно-хозяйственным и финансовым вопросам.
Рапорты и ведомости священников, переписка Екатеринодарского духовного правления с разными учреждениями о церковных суммах и состоянии церквей, об имущественном положении священно- и церковнослужителей и их наследников, о содержании в Ставропольском духовном училище бедных детей духовенства Черноморья, взыскании со священно- и церковнослужителей штрафа за различные провинности, выписке духовной литературы для церквей, о выдаче книг Екатерининской церкви города Екатеринодара протоиерею Кириллу Россинскому (1821), ремонте церквей, церковных печатях, рукоположении дьяконов в священники и по другим вопросам.
Журнал Екатеринодарского духовного правления о состоянии и поведении священно- и церковнослужителей (1822).
Метрические книги церквей Черноморского казачьего войска.
Ревизские сказки священно- и церковнослужителей и их семей.
Формулярные списки канцеляристов Екатеринодарского духовного правления.
Исповедные росписи церквей разных населенных пунктов Черноморского казачьего войска.
Книга прихода и расхода Екатеринодарского духовного правления.