Образован в январе 1871 года на базе существовавшего с июля 1842 года Войскового дежурства Черноморского (с ноября 1860 года Кубанского) казачьего войска и существовавшего параллельно с ним с 1860 года штаба войск Кубанской области.
Деятельность прекращена после капитуляции Кубанской армии весной 1920 года.

Указы императоров, циркуляры и предписания Военного министерства, Министерства внутренних дел.
Приказы Главного штаба казачьих войск, штаба и командующего Кавказской армией, по Кубанскому казачьему войску и войсковому штабу, дивизиям, бригадам, полкам, батальонам и дивизионам по строевым, хозяйственным и другим вопросам деятельности войска и отдельных частей.
Протоколы заседаний Кубанского краевого правительства, бригадных комитетов в 1917 году.
Протоколы дознаний, доклад командира 1-го Хоперского полка и переписка о волнениях казаков этого полка в связи с переселением их во вновь заселявшиеся станицы и отказе жителей станицы Полтавской выселиться в предгорные места (1873).
Мобилизационные планы и полковые сметы.
Отчеты о состоянии воинских частей Кубанского казачьего войска, деятельности полковых судов. Квартирные расписания строевых частей.
Донесения командиров частей о подавлении казаками революционных выступлений в различных губерниях России (1905-1908).
Рапорты, документы и переписка о вооружении, учреждении при войсковом штабе Кубанского казачьего войска особого стола по оружейной части, количестве запасов оружия и боеприпасов; о раненых, контуженных и убитых во время боевых действий, революционных волнениях казаков 14, 15,16, 17-го пластунских батальонов и 2-го Урупского полка в городах Екатеринодаре, Новороссийске, селе Армавир, станицах Кавказской, Тихорецкой, Петровской (1905-1906).
Статистические сведения о народонаселении Кубанской области, количестве мужского и женского населения Черноморского казачьего войска, наличном составе гарнизонов, численном составе артиллерийских частей, призыве казаков, формировании частей, назначении на должности, финансово-хозяйственной деятельности и другим вопросам.
Документы о розыске беглых крестьян и солдат и поселении их в Закубанском крае, зачислении государственных крестьян и лиц других сословий в Кубанское казачье войско, исключении из сословия и переселении в Сибирь и Уссурийский край, заселении станиц Кубанской области, сокращении срока службы казакам, формировании, комплектовании, реорганизации и дислокации дивизий, бригад, полков, дивизионов, команд; открытии и деятельности офицерских собраний и клубов.
Истории войсковых соединений и войскового хора Кубанского казачьего войска.
Документы и переписка о преобразовании Кавказского линейного и Черноморского казачьих войск в Кубанское казачье войско; обучении стрельбе, открытии артиллерийской школы, командировании казаков в юнкерские и кавалерийские училища и офицеров - в академии, изменениях в кавалерийских и пехотных уставах, об инспекторских смотрах, парадах, войсковых праздниках, участии казаков в конной выставке в Париже, благотворительной деятельности различных комитетов, военных действиях и мирных взаимоотношениях с горцами; участии казаков в русско-турецкой войне 1877-1878 гг., Первой мировой войне, снабжении войск оружием, продовольствием и теплыми вещами; производстве следствий, дознаний по уголовным и судебно-правовым вопросам; о войсковых музыкантах и певческом хоре, деятельности известных регентов Бигдая, Концевича и других, тексты записанных казачьих песен.
Дело о волнении казаков 2-го Уманского полка (Д. 10073).
Переписка о предоставлении различных видов отчетности, открытии железнодорожного движения в регионе, снабжении войск, формировании различных команд.
Жалобы, прошения, переписка об их рассмотрении.
Наградные листы и наградные карточки воинских чинов.
Списки офицеров, чиновников, награжденных за отличие в боевых действиях и представленных к производству в очередной чин.
Формулярные и послужные списки, аттестации, опросные карточки генералов, штаб- и обер-офицеров, медицинских и аудиторских чиновников, урядников и нижних чинов частей Черноморского и Кубанского казачьих войск сосредоточенных в описях № 2 за 1818-1920 годы, № 5 за 1917-1920 годы, а так же личные дела за 1818-1870 годы в описи № 2, были сохранены в составе фонда, как исторически отложившиеся в нем при поступлении на государственное хранение, хотя они выходят за хронологические рамки существования войскового штаба.