Образовано в июле 1842 года как Войсковое дежурство Черноморского казачьего войска с подчинением командиру Отдельного Кавказского корпуса и военному министерству и передачей ему военных функций войскового правления.
С ноября 1860 года - Войсковое дежурство Кубанского казачьего войска.
Реорганизовано с января 1870 года в Войсковой штаб Кубанского казачьего войска.
Указы, рескрипты императора и законодательные акты о ликвидации Кавказского линейного войска, образовании Кубанского и Терского казачьих войск и заселении предгорий Западного Кавказа.
Приказы и циркулярные указания по Военному министерству и Министерству внутренних дел.
Приказы по отдельному Кавказскому корпусу, Черноморскому казачьему войску, войсковому дежурству, окружных начальников и бригадных командиров по строевой, хозяйственной части, наградам, чинопроизводству и другим вопросам деятельности войска.
Предписания наказного атамана о розыске закубанских поселян, находящихся в Черномории на заработках, и их высылке из войска.
Штаты военного и гражданского управления Черноморского войска.
Отчеты начальников частей кордонной линии; отчеты и статистические сведения о состоянии войска, народонаселении, числе станиц и дворов в них.
Рапорты командиров полков и батальонов и окружных штабных офицеров по различным вопросам. План города Тамани 1853 года.
Сведения и доклады об учреждении в Черноморском войске межевой комиссии, войскового пансиона, при Черноморском войсковом дежурстве литографии; выборах куренных, станичных атаманов и судей; передаче знамен реформируемых полков, командировании казаков в Ставрополь для обучения землемерной науке; численности казаков и малолеток, зачислении казаков в торговое общество и малолетних казаков в фельдшерскую школу; о гончарных мастерах, присланных в войско из Тифлиса, об оркестре и войсковом певческом хоре, открытии подписки пожертвований на сооружение в Новгороде памятника 1000 лет России, рассылке книг русско-черкесского словаря, подготовленного Л. Я. Люлье.
Ведомости о народонаселении в области и черкесских аулах, принявших присягу русскому правительству.
Судебно-следственные дела по различным преступлениям, применении телесных наказаний, розыске, аресте и предании офицеров, казаков, беглых солдат военно-полевому и уголовному суду. Сведения о судопроизводстве со списками лиц, состоявших под судом.
Документы о преобразовании Черноморского казачьего войска по положению 1842 года, проведения переписи в войске, выборах атаманов, судей и других должностных лиц, состоянии, формировании и укомплектовании воинских частей пластунских, учебных, мастеровых и ракетных команд; расположении и передвижении войск на кордонной линии; вооружении и снабжении казаков, учреждении в бригадах оружейных мастерских; приведении к присяге казаков-малолеток; переселении из малороссийских губерний в Черноморское казачье войско 20000 семейств; введении форменного обмундирования, переселении жителей станиц Старощербиновской, Канеловской и Шкуринской на передовые линии за Кубань; зачислении в Черноморское казачье войско лиц не казачьего сословия; о крепостных крестьянах; об офицерах из горских народов, состоящих на службе в Кубанском казачьем войске.
Документы о выборах и деятельности дворянских депутатов в Кавказском дворянском собрании, учреждении почтовой связи между Анапой и Керчью, сдаче дел в архив и выдаче архивных справок.
Документы о черкесах Гривенского черкесского аула и татарской станице Ады, нападениях горцев, переселении горцев на правый берег реки Кубани, приведении к присяге на подданство России черкесов и армян, прикомандировании черкесов и татар к полкам Черноморского казачьего войска для прохождения ими службы; награждении их за службу; военных действиях против горцев; событиях, связанных с Крымской войной 1853-1856 годов; об упразднении укреплений Новороссийска и Анапы, появлении на море англо-французского флота и причинении этим флотом ущерба населенным пунктам прибрежной полосы; посылке пластунов в Севастополь и награждении за участие в Крымской войне.
Переписка по вопросам геодезии, о возвращении беглых, временном освобождении от службы по болезни, награждении казаков и горцев на русской службе, расценках на продовольствие и фураж, со станичными правлениями по военным и хозяйственным вопросам, зачислении в казачье сословие.
Формулярные и аттестационные списки офицеров и урядников войска. Именные списки офицеров, урядников и казаков по куреням; именные списки крестьян, пожелавших поступить на службу в войско. Списки лиц, освобожденных из-под ареста.
В архивном фонде отложились документы, выходящие за хронологические рамки деятельности учреждения.