Образована в январе 1794 года как Войсковое правительство Черноморского казачьего войска.
С февраля 1802 года - Войсковая канцелярия Черноморского казачьего войска.
С апреля 1827 года в подчинении командира отдельного Кавказского корпуса.
Ликвидирована "Положением о Черноморском казачьем войске" от 1 июля 1842 года. Военные функции канцелярии передавались Войсковому дежурству Черноморского казачьего войска, а гражданские - Войсковому правлению Черноморского казачьего войска.
Указы и манифесты императора, указы и повеления Сената и государственной военной коллегии, предписания военного ведомства и Таврического губернатора как относящиеся к Черноморскому казачьему войску, так и присланные для сведения.
Указы войскового правительства и войсковой канцелярии по военным, гражданским и другим вопросам.
Приказы военного министра, войскового и наказного атамана, земских начальников по различным вопросам.
Предписание командира отдельного Кавказского корпуса об учреждении в Черноморском казачьем войске особого переселенческого комитета.
Журналы заседаний (протоколы) и докладные реестры войскового правительства и войсковой канцелярии по военной, гражданской, уголовной, казенной и экономической экспедициям.
Положения о войске и размежевании войсковых земель.
Отчеты войсковой канцелярии и отчет за 1841 год о количестве добытой нефти, сере и броме.
Рапорты и документы о состоянии куреней и полков войска, перемещении куреней, об освобождении бывших запорожских казаков с их семьями от крепостной зависимости на Украине для поселения в Черноморском войске за 1794-1795 годы, отводе войсковой старшине земли в потомственное владение под хутора и мельницы.
Рапорты, документы и переписка о подготовительной работе по проведению межи между Черноморским и Донским казачьими войсками, с Таврическим губернатором о постройке в Екатеринодаре 40 куреней, создании Черноморской войсковой канцелярии по примеру Донского войска и упразднении Атаманской канцелярии, состоянии Черноморского казачьего войска, производстве офицеров в следующие чины, розыске беглых солдат и разжалованных чиновников; о войсковых нефтяных колодцах в Таманском округе.
Ревизские сказки на казаков и крепостных крестьян.
Ведомости и сведения о народонаселении и состоянии Черноморского казачьего войска, рыболовных заводах, добыче соли, количестве и работе меновых дворов; о состоянии сумм войскового капитала, ярмарочных оборотах в городе Екатеринодаре и куренях, с перечислением названий, количества и цен товаров.
Документы о переселении из Полтавской и Черниговской губерний на Кубань 25000 человек в 1821-1825 годах, зачислении в Черноморское войско переселенцев из внутренних губерний России и Украины и бывших запорожских казаков, возвратившихся из Турции и пришедших с Украины и ведомости о числе переселенцев; переселении и зачислении в Черноморское казачье войско офицеров и казаков Усть-Дунайского и Буджакского казачьих войск.
Документы о формировании в Черноморском казачьем войске 20 полков: 10 конных и 10 пеших и дополнительно 11-го конного полка из неимущих и несемейных казаков, лейб-гвардейского полуэскадрона; подготовке к походу 2500 казаков к Дунайским берегам (1799) и полков на русско-турецкую войну (1828); кордонной службе и усилении кордонной линии строевыми частями, заказе оружия для Черноморского казачьего войска, о казаках, возвратившихся из плена от горцев; следственные дела по обвинению войскового атамана Черноморского казачьего войска А. Д. Безкровного в растрате войсковых средств и использовании казаков у себя на работах.
Документы о благоустройстве Екатеринодара, об устройстве в Екатеринодаре Черноморского войскового училища; гимназии и типографии; заведении певческого хора и духовной музыки; крепостных крестьянах, принадлежащих черкесским князьям, дворянам и войсковой старшине Черноморского казачьего войска; суконной фабрике, овчарном, кирпичных и рыболовных заводах и работавших на рыболовных заводах забродчиках; забродческом пае и пошлине на рыбу, числе рыболовных заводов, количестве улова и числе рабочих; Ачуевском и Ясенском соляных озерах; об устройстве куренных меновых дворов, торговле с горцами, ярмарках.
Переписка с Таврическим губернатором об устройстве куреней, о перешедших в подданство России ногайских татарах, отводе земли под хутора и мельницы, отпуске леса и принятии мер для сохранения лесов, об отпуске и расходе денежных средств, по делам наследования, установлению опеки, разбору жалоб, ремонте мостов и гатей.
Приходно-расходные книги Черноморского казачьего войска и меновых дворов и ведомости последних о торговле с черкесами. Книги записи нотариальных документов.
Формулярные и послужные списки офицеров и казаков, в том числе принимавших участие в Отечественной войне 1812 года и награжденных за участие в этой войне, пожертвования потерпевшим от нашествия Наполеона.
Именные списки штаб и обер-офицеров войска, списки казаков по куреням. Посемейные списки переселенцев и казаков конных и пеших полков. Именные списки жителей войскового сословия города Екатеринодара. Списки казаков, представленных к наградам и повышению в чинах, а также на раздачу жалования.
В фонде, в описях № 2, 3 и 7 отложились дела с документами за 1840-е - 1860-е годы, подключенные в последующие годы.