Образована в 1788 году как Канцелярия кошевого атамана войска верных казаков Черноморских.
С января 1794 года - Канцелярия кошевого атамана Черноморского казачьего войска.
С июня 1797 года - Канцелярия войскового атамана Черноморского казачьего войска.
С октября 1827 года - Канцелярия наказного атамана Черноморского казачьего войска.
С ноября 1860 года - Канцелярия наказного атамана Кубанского казачьего войска.
Упразднена в 1870 году.
Указы императора и Сената. Приказы и циркуляры министерства внутренних дел, командующего Кавказской линией в Черномории и атамана Черноморского казачьего войска (1822-1860).
Донесения главнокомандующего русской армией фельдмаршала М. И. Кутузова Александру I об успехах русского оружия в Отечественной войне 1812 года против Наполеона, переписка об участии в этой войне 1-го конного и 9-го пешего полков Черноморского казачьего войска.
Документы и переписка о создании, по указанию Г. А. Потемкина, волонтерских команд из запорожских казаков, положивших начало Черноморскому войску (1787); о формировании казачьей морской флотилии (1788); о посылке казачьих команд на турецкий фронт.
Документы об участии в русско-турецкой войне черноморских казаков и ордера об этом на имя Черноморского казачьего войска А. В. Суворова и М. И. Кутузова с их собственноручными подписями; о некрасовских казаках (1789-1791); переселении Черноморского войска из-за Буга на Кубань , об основании на Кубани города Екатеринодара и куреней и разделении войска на пять округов; беглых крестьянах, укрывающихся от помещиков в Черноморском войске; о "персидском бунте" двух полков черноморских казаков, возвратившихся из персидского похода (1797); службе полков и дивизионов черноморских казаков в Польше; взаимоотношениях русского правительства с горскими князьями; военных действиях и кордонной службе черноморских казаков, меновой торговле с черкесами; переселении для подкрепления Черноморского казачьего войска украинских казаков в 1820-1825 годах.
Военно-статистическое описание Черномории (1851). Описание полковником Новицким географического расположения горских народов Западного Кавказа и описание обычаев абхазского народа (1831-1836).
Документы о войсковой суконной фабрике, рыболовных, овчарном и конном заводах; соляных озерах, нефтяных колодцах; вулканических извержениях на Таманском полуострове, путях сообщения и гребной флотилии, открытии училищ и гимназий в Черноморском казачьем войске, устройстве Псекупских минеральных вод в пределах современного Горячего Ключа; об опытах лечения больных лихорадкой подкожным впрыскиванием хинина.
Ведомости и переписка о найме казаков за себя на кордонную службу.
Ведомости казаков, переселяемых на Кубань и удерживаемых помещиками на Украине.
Именные списки казаков и поселян бывшего Запорожского войска, закрепощенных помещиками по разорении Запорожской Сечи (1783). Посемейные списки казаков-переселенцев.
В архивный фонд вошли дела с документами, хронологически выходящими за период существования канцелярии.